La macroalgas tienen un gran número y variedad de herbívoros, que van desde mamíferos, peces, erizos de mar, crustáceos, gasterópodos, etc. Además de estos, están expuestas a las condiciones climáticas, por lo que desarrollan una gran cantidad y diversidad de compuestos que les sirven de defensa.
Diversos estudios indican que las oxilipinas (algunas pertenecientes a las series de prostaglandinas y leucotrienos) juegan un papel importante en las macroalgas, para la regulación de las defensas químicas, ya que se ha sugerido que estos tienen un efecto perjudicial sobre los herbívoros. Así mismo, se han identificado hormonas como el jasmonato que disparan la producción de florotaninos de algas en el intermareal durante las mareas bajas, y es también bajo estas condiciones cuando se producen grandes cantidades de polifenoles para proteger el fotosistema II, además del incremento en la producción de polisacáridos para evitar la desecación. En las algas cafés durante la biogénesis de ácidos grasos se derivan distintos compuestos sulfatados e hidrocarbonados, que componen las feromonas sexuales y se ha observado que tienen un papel importante contra los herbívoros. Compuestos como el ácido 9-oxo nonadienoico disminuye el ramoneo de anfipodos en algas del género Dictyopteris. Laminaria spp. también produce aldehídos poliinsaturados de estructura similar con la misma finalidad. Por otra parte el alga roja Gracilaria chilensis, libera eicosanoides hidroxilados como respuesta al epifitismo y el daño físico.
Estos son solo unos ejemplos de la gran cantidad de compuestos que actúan como defensas en las macroalgas, ya que son tan diversos que haría falta leer cientos de publicaciones científicas para conocer a fondo el tema.
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